Güvenlik Tahkikat Başkanlığı; Türkiye’nin milli güvenliğine yönelik tedbirler kapsamında, görev alanına giren konularda kamu kurum ve kuruluşlarınca talep edilen arşiv araştırması ve güvenlik soruşturması çalışmalarını ilgili mevzuatlar çerçevesinde yürütür.

İstihbarata Karşı Koyma Başkanlığı; yabancı devlet, istihbarat servisi, kurum/kuruluş ve şahısların Türkiye’ye yönelik casusluk faaliyetlerinin tespiti ve engellenmesiyle görevlidir. Başkanlık, bu amaçla kontr-espiyonaj çalışmaları yürüterek, espiyonaj faaliyetlerinin hedefi olan kamu ve özel sektör kurum/kuruluşları ile işbirliği ve koordinasyon faaliyetlerini sürdürür.

Dış Operasyonlar Başkanlığı; Türkiye’nin stratejik çıkarlarının korunması ve geliştirilmesiyle görevlidir. Başkanlık, yurt içi ve yurt dışı birimlerle birlikte çalışmalar yapar. Türkiye’nin Milli Güvenlik Stratejisini destekleyen çizgide ve siyasi konjonktürle paralellik arz edecek şekilde çalışmalarını sürdürür.

Terörle Mücadele Başkanlığı; başta terör örgütleri ve terörist faaliyetler olmak üzere, Türkiye’nin milli gücüne yönelik tehditlere karşı güvenlik istihbaratı toplamakla görevlidir. Başkanlık tarafından yurt içinde ve yurt dışında toplanan istihbarat güvenlik tedbirlerinin alınması ve tehdidin bertaraf edilmesi için kullanılır.

Siber İstihbarat Başkanlığı; 2937 sayılı Kanun ile verilen görevlerin yerine getirilmesi amacıyla her türlü teknik istihbarat usul araç ve sistemlerini kullanmak suretiyle teknik faaliyetler yürütmek, bilgi, belge, haber ve veri toplamak, kaydetmek ve analiz etmekle görevlidir.

Sinyal İstihbarat Başkanlığı; muhabere ve muhabere dışı sinyalleri kullanarak erken ihbar ve ikaz bilgileri de dahil olmak üzere sinyal istihbaratı üretmekle görevlidir. Başkanlık, bu amaçla haberleşme ve radar sinyallerini yakalayarak, bu sinyalleri analiz eder ve istihbarata dönüştürür.