Родился в 1901-м году в Серезе. Окончил высшее общевойсковое училище. Служил в турецких вооруженных силах. 27-го августа 1954-го года в звании полковника был переведен на службу в НСБ. Выйдя в отставку, продолжил работу в НСБ. 27-го марта 1957-го года, после ухода Бехчета Тюркмена с поста главы НСБ, был назначен исполняющим обязанности руководителя ведомства.
18-го апреля Эмин Чобаноглу передал этот пост руководителю аппарата Совета Министров Ахмету Салиху Коруру, временно исполнявшему обязанности главы НСБ до 23-го сентября 1967-го года, когда на этот пост был возвращен опять же в статусе исполняющего обязанности Эмин Чобаноглу.
21-го ноября 1957-го года на эту должность был назначен Хусейн Авни Гёктюрк. Эмин Чобаноглу же получил пост эксперта-референта НРО. 18-го июля 1960-го года вышел на пенсию.
Эмин Чобаноглу, владевший французским и греческим языками, скончался в 1983-м году.
